Сосредоточись хорошо на файлах, которые ты включаешь, один из них приносит имя: jquery.waypoints.js; однако файла, который находится в твоем каталоге, jquery.waypoints.min.js; если ты это изменяешь в твоем HTML, оно было бы должно функционировать правильно

<!-- Script Source Files -->
    <script type="text/javascript" src="js/jquery-3.3.1.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="fontawesome-free-5.7.2-web/js/all.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="bootstrap-4.1.3-dist/js/bootstrap.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/contact.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/custom.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/jquery.counterup.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/jquery.waypoints.js"></script> <!--Este archivo no existe -->
    <script type="text/javascript" src="js/lightbox.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/owl.carousel.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/validator.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/waypoints.js"></script>

<!-- Script Source Files -->
    <script type="text/javascript" src="js/jquery-3.3.1.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="fontawesome-free-5.7.2-web/js/all.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="bootstrap-4.1.3-dist/js/bootstrap.min.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/contact.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/custom.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/jquery.counterup.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/jquery.waypoints.min.js"></script> <!--Agregale el .min  -->
    <script type="text/javascript" src="js/lightbox.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/owl.carousel.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/validator.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="js/waypoints.js"></script>